三年正月，设立国家内务部，阿合马又以国务院总理的身份兼任内务部长。过了一段时间以后，他以内务部长的报告说：“现在朝廷官员众多，开支非常巨大，京城里的税收远远不能满足需要，建议把大量的羊群等牲畜，运送到洛阳等地去贩卖，以牟取商业利润，增加财政收入。真定、顺天等城市的金银如果不能满足需要，可以增加货币的发行量，以满足市场和民众需求。别怯赤山出产石绒，可以织为布，火也不能让它燃烧，请求派遣朝廷官员前去开采。”又报告说：“国家现在的费用非常浩大，今年自从朝廷迁移到都城后，已经支出了四千锭银子的钞票，恐怕明年已经远远不够开支了，朝廷应该节省开支，增加财源。”
十一月，内务部又报告：“桓州峪所开的采银矿，已经达到十六万斤的规模，一百斤可冶炼得银子三两、锡二十五斤。采矿所需的锡应该如数划拔，不得克扣。”他提出的报告，朝廷经过研究，都全部获得了批准。
七年的正月，设立政务院，撤销了内务部，依然由阿合马担任总理平章。阿合马为人乖巧，能言善于辨，喜欢花言巧，急功近利，追求实效，人们都非常称赞他的才干。元世祖建立元朝，百废待举，急于富国强兵，试用阿合马治理国家，很有成效，感到非常满意。
元世祖经常看见阿合，马与丞相泉真、史天泽等人为治理国家，发生争辩，阿合马经常都把对手问得理屈词穷，由些更加赞赏阿合马的才能，让他掌握朝廷大权，对他言听计从，而不知道阿合马阴暗和刚愎自用，自以为是，独断专横。
朝廷高官安童对阿合马的所作所为很不“感冒”，向元世祖皇帝报告说：“我近来我所提到的国务院、常委会、监察部，都应该象过去一样按正规程序，向皇帝报告日常事务，凡是涉及到的国家大事，应该经过常委会研究后报告批准。今天阿合马把持朝政，独揽大权，与朝廷过去的规定是冲突的。”
元世祖听了，点了点头，回答说：“你真是明察秋毫，说得很对。况且阿合马很受我的信任，哪里能够猖狂到如此地步？我知道下面早已经议纷纷，你说都是事实。”
安童沉思了一会儿，又对元世祖说：“阿合马所作用的那些官员，副总理许衡都认为那些人不地道，但是我已经批准了他的任命，如果不批准，恐怕他以后会有闹意见。应该试试他是不是真的有能耐，以后是会看到他们的下场的。”世祖点了点头，认可了他的说法。
五月，国务院提出报告说，要进行全国人口普查，后来监察部又报告说，今年蝗灾严重，庄稼损失很大，各地都正在忙于捕捉蝗虫，百姓非常劳苦，人口普查的事应该延缓一下。阿合马才没有办法，只得放置了下来。
当初设立国务院时，朝廷命令说：“国务院选拔的官员，都要经过人事部进行严格的资格审查，然后再报告国务院，再由常委会研究后，报告皇帝批准录用。”但是阿合马独揽大权，任人唯亲，阳奉阴违，不经过人事部，也不经过国务院批准。副总理安童把事情经过报告了皇帝，世祖亲自责问阿合马。
阿合马接到命令后，不敢怠慢，立即进入皇宫，向皇帝报告说：“皇帝既然信任我，无论事情大小，都委托给了我，我所需要的人，也应该让我自行选择，这也是很正常的事，没有什么奇怪的。”
安童因些向皇帝请示说：“既然阿合马不思悔改，独揽大权，从现在起，除了判决那些重刑犯人，以及任命各省部级官员，必须经过中央外，其余的事就交给阿合马去办就行了，避免职责不分，政务混乱。”元世祖觉得他说得很对，就批准了他提出的方案。八年三月，国务院又提出普查人口的事，拟订出条例向全国颁布实施。
那年，国务院报告说，要增加太原市的盐业税收，以一千锭基数征收，仍然命令由各省负责税收事务。九年，并把常委会并入国务院，还是由阿合马任总理。第二年，阿合马又任命他的儿子，忽辛为大都市长，兼任大兴市长。副总理安童看见阿合马，独揽大权，任人唯亲扩张势力范围，为了改变弊端，就向皇帝报告说大都的市长，多次违犯命令，很不称职，请求予以重新任命。
不久安童又报告说：“阿合马、张惠，执掌着国家的的大权，为商人大款狼狈为奸，谋取不当利益，危害民众利益，人民怨声载道，敢怒而不敢言。”阿合马听到消息后，当面责问安童说：“那个吃了豹子胆，不想活了，敢这样胡说八道？有种的，我们就当着皇帝的面，去辩论个清楚。”
安童也不是省油的灯，把阿合马拉到皇宫里，当着皇帝的面回答阿合马说：“别的我们暂且不说，就是那个和省府勾结的奸商周祥，大量贩运木材，牟取暴利，罪状一清二楚，朝野震动，有目共睹，难道是假的？”
元世祖听了也大吃一惊，说：“如果你说的果真有这样的人，一定要调查清楚，予以严惩，决不轻饶。”不久纪律报告说忽辛伙同纪委的一些人，偷梁换柱，做了不少坏事。
元世祖听了却不以为然，只是轻描淡写地回答说：“你们真是糊涂透顶，连外面的许多事情都不知道，哪里知道那些机密要事，岂不是胡扯，算了，以后少胡说八道。”
阿合马得知消息后，知道有皇帝在上面罩着他，他的胆子就更加壮了，就放开手脚大做起来，果然干出许多震天动地的大事。
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