1909年12月19日在多特蒙德市东北部波鲁西亚1909球类俱乐部成立。40多名天主教三位一体教区青年团的成员于出于对足球运动的热爱，也出于对负责青少年宗教工作的卡布朗-胡伯特-德瓦尔特的不满，他们成立了波鲁希亚1909球类俱乐部。俱乐部名字普鲁士来源于施泰格大街上的波鲁希亚酿酒厂，新俱乐部的首个目标就是要加入西德意志赛事联合会。
德瓦尔特神甫曾亲自出面试图阻止俱乐部的成立，但没有成功，不过他的出现使二十多名叛逆者退出了俱乐部。最终只有十八名波鲁森好汉参与了俱乐部的筹建，这就是多特蒙德的前身。
球队的第一场正式比赛于1911年11月15日在白草坪体育场打响，球队原本的颜色为兰白相间，但俱乐部在1913年将其改为黄色和黑色。多特蒙德队在二十年代开始逐渐斩露头角，在三十年代成为了多特蒙德市最具有号召力的球队，但在与同为鲁尔区的对手沙尔克04队交手中却屡屡铩羽而归，双方球迷之间一直剑拔弩张，双方之间的比赛被称为鲁尔德比。
1937年工业巨头赫施要扩张他的家业，多特蒙德队的体育场阻碍他的发展计划，多特蒙德队被驱逐到了国有体育场鲁特埃尔德球场，并且是与其余球队共同使用，但是在困境中诞生了多特蒙德队的伟大球星奥古斯特兰斯，他也成为了那个时代德国最为杰出的球员。
90年代中期多特蒙德队的黄金时期在九十年代终于来临，他们于1995年、1996年两夺德甲冠军银盘，并为德甲贡献了又一位欧洲金球奖得主萨默尔。多特蒙德已不满足于在国内称王称霸，在1997年欧洲冠军杯的决赛中，，阵中拥有萨默尔、安德烈斯·穆勒、卡尔·海因茨·里德尔等巨星的多特蒙德在冠军杯决赛中三比一击败了拥有德尚、齐达内、维耶里和皮耶罗的意甲豪门尤文图斯，登上欧洲之巅，并在之后的丰田杯中二比零战胜巴西格雷米奥队一统天下。
1998年多特蒙德成为欧洲豪门G14联盟首批14个成员之一。球队功勋队长佐尔克功成引退，里德尔、弗伦德、海因里希、索萨四散离去，萨默尔身受重伤有心无力，首席射手查普伊萨特状态低迷，多特蒙德元气受创。然而球队陆续引进了罗西基、阿萨莫阿、扬-科勒、埃韦顿等新一批当打之年的新兴球星，补进实力。
世纪之交俱乐部高层决定上市，多特蒙德成为在德国股票市场上市的第一家俱乐部。从股市上筹集的资金使得他们能够购买罗西基等大牌，挥金如土的金元政策使得多特蒙德成为欧洲足坛一股不容忽视的强大力量，球队也在01/02赛季再次夺得德甲冠军。
2000年10月31日俱乐部在法兰克福证券交易所上市。2001年萨默尔开始执教多特蒙德。俱乐部花费一亿四千万马克买来罗西基、科勒、阿莫鲁索，其中阿莫鲁索的转会费两千五百万欧元是当时德国俱乐部转会费的最高记录，次年俱乐部夺冠。
盛极必衰是永恒的规律，由于球队管理层挥霍无度引进大牌球星，导致俱乐部入不敷出欠下一点二五亿英镑债务，财政状况日益恶化，已经有近百年历史的多特蒙德俱乐部逐渐走向低谷。
2005年俱乐部甚至已经到了破产边缘，对成功的渴望却让曾经的德甲豪门到了穷困潦倒、濒临倒闭的地步，同上世纪90年代后期的鼎盛时期相比，球队几近崩溃。2005-2008年是俱乐部历史上最为艰难的时期，虽然俱乐部决心要让已经病入膏肓的病人重新复活，但窘困的财政状况一直没有好转。
主教练也很有野心，但是他的愿望常常由于俱乐部糟糕的经营状况而不能实现;球迷们总是期待着球队的成功，但他们也只能情不自愿的习惯于球队在德甲中游的成绩，俱乐部为了平衡财政做出了一系列大清洗，导致球队一直只能在联赛积分榜中游徘徊。
当托马斯-多尔在07-08赛季率队拿到20年来球队的联赛最差战绩第十三名后，看似多特蒙德会就这样沉沦下去，再无抬头之日。
不过2008年被看作是大黄蜂重生的纪元年，08年夏天新的营运团队进驻，也带来了节省支出，增加商业活动的新理念，在经历了多尔带队的失败后，董事明白，他们真正需要的是一位能不断激励球队及球迷，一位能让俱乐部恢复往日声望的帅才。
他们选择了尤尔根·克洛普，一位刚刚带领美因茨历史性地冲入德甲并广受外界褒奖的少帅。他手下球队华丽而又不失严谨的球风得到了德国足球界的诸多夸赞，带着要重现多特蒙德昔日辉煌的承诺，克洛普得到了最初的两年合同。克洛普心中自然明白，要想在多特有所作为，他必须运用一套不会让俱乐部再陷债务泥潭的运营体系。
克洛普的球员生涯大部份时间在美因茨度过，由1990年效力到2001年退役，期间球队一直位于德乙的中游位置，克洛普初期担任前锋，于1995/96赛季开始移后成为一名后卫。
退役后克洛普留在美因茨担任主教练，执教长达八年。首两年即带领球队冲击升级资格，惟仅差一线均以第四位未能成功。2003/04赛季幸运之神终于降临美因茨，球队以净胜球压倒科特布斯取得第三位，克洛普成功带领美因茨首次登陆德甲，其时他在科隆德国体育大学完成足球教练牌照课程，但仍需继续修读德甲主教练所需的甲级教练牌照课程。
2008年5月克洛普获聘为德甲俱乐部多特蒙德的主教练，签约两年，2008/09赛季克洛普随即带领球队赢得个人执教生涯首个锦标，以二比一击败拜仁慕尼黑取得德国超级杯，执教首个赛季多特蒙德取得第六位，但未能取得欧洲赛的参赛资格。
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