但大军并未能趁势北进，而是在信阳、南阳和项城分别驻军，最终于许昌屯兵止步，以防守攻击的态势与鞑子忽必烈军对峙，因为忽必烈尽起手下大军20万，以秋风扫落叶的姿态攻占洛阳，金国灭亡，残余势力到处逃窜，其中一部分逃亡满清。
蒙哥阵亡的消息传出后，忽必烈于6月16登基为大汗；不久后的7月12，阿里不哥于草原称汗；鞑子主要势力包括汝阳王府大部分以草原阿里不哥为正朔，8月8日，忽必烈一怒之下改年号为“大元”，正式称帝。
由于时近深秋，很快就是寒冬，不适合大规模动作，双方各自罢兵修整。
洪武三年二月初二，刚刚开始升温的时节，驻项城明军和已经完成整编的江淮明军联手，东西夹击之下，很快横扫皖南地区，最终于五月底推进至宿州，和同样推进至宿迁的明军配合，与驻扎在徐州的满清主力对峙。
基本同一时间，加上信阳、南阳援军已经补充至15万的许昌明军与忽必烈的20万主力鞑子爆发主力决战，最终以惨胜收场，双方各自退回原驻地，均无力再战。
此役，由于没有对等的骑兵力量，明军绝对损失超过10万人，其余几乎人人带伤，基本丧失作战能力；20万鞑子主力根本没和火器部队交手的经验，盲目乐观、莽撞突击，导致超过12万永远留在了战场上，残部如丧家之犬逃回洛阳，只剩下不到5万人，其余逃散。
六月初六，彻底完成整编的川地明军12万人出汉中北伐，基本都是杂牌的鞑子驻军一路溃退，明军基本扫荡陕南、甘南之后，于终南山附近驻军，逼近长安。
同一时期，江淮、宿州明军与徐州满清主力爆发决战，13万明军与将近30万满清各部混战半个月，谁也没想到的是，当年号称“满万不可敌”的八旗兵早已溃烂，几乎没有一支能够抗住明军燧发枪兵的三轮齐射。
受溃逃八旗影响，剩下的一大半绿营本就没什么战斗意志，也跟随溃逃，最终被打死打伤的不到6万，超过12万被俘，再去掉溃散部分，残余不足5万的清军连齐鲁大地都放弃了，愣是逃回了北直隶。
七月初，忽必烈以“明修栈道暗度陈仓”计策，骗过了对峙的许昌明军，主力回师长安，与终南山明军激战，准备不足的明军死伤惨重，但处于进攻位置的元军也未能取得胜利，最终明军后退30里下寨，元军退回长安，双方均未取得绝对优势。
消息传出后，七月底，许昌方面明军全军突击，顺利拿下重镇洛阳，至此，元军彻底失去活动区域，基本处于死守状态。
同一时期，汇合后的徐州明军扫荡齐鲁，直进北直隶，在拿下京城门户保定后停止步伐，开始补充修整，同时，满清盛京方面军队绑了已经只会醉生梦死的宝亲王弘历驰援京城，至此，加上临时扩编的各类军种以及溃逃至此的金国残部，京城满清驻军名义上已经达到36万，而保定明军不足15万。
之后，各方均无力再战，各自修整补充。
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