联合舰队整编方案的核心其实就是参谋作业，不难发现，参谋这个职司在舰队官制中占了很大比例。而早在吴淞水营改编为大明皇家海军时，魏公公就组建了参谋司。
在参谋作业这一块，他老人家真的十分重视，早早就安排参谋司的蒋西凤从军中及民间挑选招募识字的年轻人，开办参谋作业班，进行各式参谋作业的培养，如制图参谋、航海参谋、水雷参谋、联络参谋、机关参谋、后勤参谋等。
这些参谋们平均年龄只有25岁，最小的只有16岁，但是其中有功名的寥寥无几，只有两个在苏州店铺当伙计的童生。
参谋司前前后后一共办了三次训练班，共为皇军培养了参谋学员268名，虽然这些参谋学员所学和后世的参谋人员相比有很大的落后性，但相对于这个时代却是先进且优秀的多了。
为了让这些参谋学员能够更好的将所学应用于实践之中，公公北上之时便带了第一批的学员，途中进行考核，根据各自成绩打分以便进行分配。辽东宽奠扫击战时，又有参谋学员数十名随军，经历了大大小小的战争考验，如今随着海军、陆军的正式成立，这些学员们便正式成为皇军一员，从普通一兵晋升为总旗、小旗衔。
蒋西凤主持了学员分配，其中被分到联合舰队的参谋学员有120人，余下148人被分在陆军，近卫师团分得95人，台湾警备师团则分得53人。
本来蒋西凤觉得台湾警备师团只是乙等师团，而且现在整个师团才三千多人，那些师团长、联队长不少人都告假回家乡招兵去了，加上这个台湾警备师团的将领都是魏公公的亲朋好友，所以怎么看这个师团都是个三流部队，因此好不容易培养出来的参谋人材应当优先分配在甲等师团。
可魏公公不干啊，是，台湾警备师团是他老人家的三大姑七大姨组成的，看起来跟个家族企业似的，可正因为如此，才要加强台湾警备师团的战斗能力啊。而且，谁告诉你蒋西凤咱家这个台湾警备师团永远就是乙等师团了。在魏公公的坚决反对下，蒋西凤这才不得不派了53名学员补入台湾警备师团。
联合舰队中的参谋学员，官职最高的是机关参谋，官职最低的是政务参谋。陆军方面，则全部分配在大队、中队一级，因陆军是师团制，只有师团一级设有参谋长，加之学员们年纪和资历都不足，因而按魏公公的意思，全部担任大队、中队一级的作战参谋，协助主官进行军事训练、战时负责通信、制图、后勤等事务。
这也算是从小做起，慢慢磨练，不出意外的话，将来这一批作战参谋中一定会踊出无数将星。
为了统一海陆两军的指挥权，魏公公已正式将自己提督海事太监所在本部命名为大明皇帝亲军指挥本部，简称大本营。大本营下设海军参谋本部，陆军参谋总部，各总部又下设军事作战司、通信联络司、后勤审计司、兵要地志司、文书谍报司等一系列军事机构。
根据大本营发布的“甲寅皇军二号训令”表明，联合舰队之常备舰队、警备舰队；陆军之甲等师团、乙等师团完全归于亲军指挥本部统一指挥。
联合舰队司令长官人选暂时空出，皇家海军之常备舰队由总兵官王大力担任，接魏公公令后，王大力立时组织海军上下检修战船，补充淡水、粮食，随时做好升帆远航准备。
陆军方面，郑铎率领第一旅团三个联队随海军前往福建中左所，为近卫师团主力开拔做准备。
当日，魏公公亲率陆海两军将领往码头送行，赋诗曰：“赤壁一战乾坤转，东风送我第一船！”
皇明兴废，在此一举。
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