常石事件之后，真田下发了一道密令，“凡在京都以及京都附近的战场，一般的日本百姓，纵令是老人、女人或者小孩，部队都要严加注意。近期不断发生我联队官兵被日军单独兵袭杀事件，故不能粗心胆大，需要特别注意，尤以后方部队为然。如果发现这些行为，一律不宽恕，必须采取断然处置。”
第六步兵联队长李炎昭宣称：“京都是日本的京都，也是皇明的京都。皇军对京都的占领是帝国意志的贯彻，因此不允许京都存在任何幕府的流毒！”
这些将领的种种言论无疑加深了皇军在京都作为的恶劣性，使得皇军在相当长的一段时间内军纪十分的败坏。
可让人难以理解的是，对前线各部队的胡作非为，身为最高统帅的魏公公竟然未做任何阻止。
甚至多年后在一次采访中，魏公公说自己当时在台湾平定土蛮时的旧伤发作，因此无法有效指挥部队。故对于原日本国京都发生的诸事件，公公本人并不清楚。
事件中，可能有平民被误杀，对此，公公本人一直是愧疚的，所以他后来向皇帝请命兼任日本镇守太监，便是想为日本的发展做一些贡献，以抚平战争给日本人民留下的创伤。
采访结束后，公公善意的提醒采访的《皇明日报》记者：“过去的事情就不要再翻了，京都事件帝国早已经定性，一些吃饱了撑的文人妄想通过此事翻案，明面上是想深挖历史真相，但实际上矛头却是对准咱家的。对这些人，我们必须警惕，我活着他们不敢闹，我要死了，指不定就得被他们鞭尸咧。我看咧，对这些人不敲打一下不行啊，早年间的学习班有必要再开几期，读书人嘛，脑子总是不切实际。”
这次的报道和随后的相关措施起到了很好的效果，但有一点魏公公并没有说真话。
他一直在前线。
就在皇军攻占京都的第二天，魏公公就带领卤薄参加了入城式，并亲手为对日作战以来阵亡将士擂响了汉唐年间的旧乐招魂鼓，以求皇军将士魂兮归来，永震倭国。
入城式上，天降灰雪。
此是城外正在焚烧死者残骸，因数量太多难以计数，行人于二三里外望如积雪。
次日，魏公公亲自召见曹文耀、伍福铭、真田一郎、山本幸二、李炎昭、汪大海等第一军高级将领，对他们攻克京都予以嘉勉，并各赠宝刀。
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常石发生的事件很快就被当地的日本村民传了出去，数千日本士兵及将军长子的被杀让幕府方面人心为之一滞。
明国军队官方对外声称德川家光乃是诈降，因此皇帝亲军采取了必要措施以防止事态恶化。
但是私底下，正在执行对京都攻击作战的皇军将领们却对部下们声称，对待敌人就应当施以残酷，今后作战也必须对幕府军队进行实质的消灭。
菊机关及复兴社方面的宣传口径出奇的一致，那就是帝国从来不以德川幕府为作战对象，因而不必给予德川幕府军队格外的人道关怀。
受到常石事件影响，尤其是参与镇倭的部队官兵斗志更加昂扬，官兵们克服种种困难，有力杀伤当面日军，迫使倭酋德川秀忠不得不弃军东撤。
就在身受丧子之痛的德川秀忠无奈东撤时，不知从哪个途径竟然流传出天皇陛下的御旨，说凡是在幕府替德川家效力的，以及帮助德川家的都属于“非国民”，一旦幕府倒台，朝廷就将清算这些“非国民”。
同时，皇帝亲军新的告日本人民书也迅速在日本全境传递，“谕日本官绅军民人等知道......如有抗拒不遵，大兵一到，玉石俱焚，尽行屠戮！”
向皇帝陛下报喜的捷报与向教皇陛下报喜是同时进行的。
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