三十八年，时论欲以外僚直内阁，意在三才，然忌者谤议四起。顾宪成贻书太学士叶向高力为洗雪，言者乘间并攻东林，形成党争。
李三才任用与否的问题，实质上演变成为一个东林党与浙党等反对党之间的党争问题了，并且成为万历朝东林党与反对党之间最为激烈的一次直接交锋。钱谦益对此曾评论道：李三才一事，导致物议旁午，飞章钩党，倾动朝野。从此，南北党论，不可复解，而门户之祸，移之国家矣。
李三才与邹元标、赵南星等齐名，是东林党中风头最劲，最有名望的人。
李三才挂印弃官回家后，仿效顾宪成、高攀龙等在东林书院讲学授徒，也在家乡置办起双鹤书院，并在那里讲学。但是，东林党的反对者们并没有忘记他，害怕他东山再起，因而继续寻找机会打击李三才，而李三才的性格也为这种打击提供了机会。他才大而好用机权，善笼络朝士，抚淮十三年，结交遍天下。性不能持廉，以故为众所毁。
东林党始终是想推荐他出去，但始终混不了一个实缺，朝中反对的声音太大了，这不，他这就混了一个南京户部尚书的位子，这都招来了齐党亓诗教之忌，上书弹劾。
李三才是东林党名人，善于包装推广自己，在东林党中的名气，比韩爌叶向高还大，现在好了，他下野了都被人鞭尸式的攻击，顿时像是捅了马蜂窝，立时有东林党人李家营弹劾亓诗教妖言惑众，诽谤名儒，双方当众就吵了起来。
皇帝相当头痛，双方各执一词，互不相让，其实他并不喜欢像李三才这样的人物，搅屎棍式的人物。
李三才是个好官，这并不见得，他倒是一个十分懂得做官的人，交际能力强，朝中有许多他的莫逆之交。在外为官的时候，也知道在百姓心中树立一个良好的形象，获得百姓的爱戴。
正因为这样，尽管他得罪了万历和内阁首辅沈一贯，但是却一直都没有被罢官处置。因为一旦有些风吹草动，与李三才交好的顾宪成、邹元标等人就会站出来力挺李三才，所以李三才一直顺利的站在官场中，后来还是东林党与浙党官员发生党争，李三才才自请辞职的。
你说你都弃印挂官而去了，在乡下讲学放炮，这就继续好了，何必出来作妖，令天下大乱？这是姣婆难守寡，耐不住寂寞，要出来作妖了，朝廷己是多事，何必招惹这些搅屎棍？他说道：“赵卿说李有才，亓卿说李大奸以忠，不能持廉，令朕好生为难。”
亓诗教故作轻松的道：“是上何必了人难？李某人抚准十三年，官至漕运总督，年俸禄加冰敬碳敬不过五千两，他庞大的家业是如何得来的，在通州，谁不知李三才富甲一方，家资过百万之巨。”
赵南星喝道：“信口雌黄，一派胡言。汝怎么不说方从哲有百万家资？”
朱由校道：“赵大人慎言。”刚才叫赵卿，现在叫赵大人，这表明皇帝是十分不爽的了。
赵南星也知失言，连忙道歉，他这有屁就放，放臭了就道歉是颇有大臣之风，不少人为之赞许。
朱由校说道：“李三才有这么多钱，亓卿从何得知？有没有证据？”
亓诗教道：“李某人在通州的大宅，广厦连绵，仆从如云，在北直隶，他的土地仅次于皇庄，他的店铺商行也极多，说是百万两之巨，其实是贬低了。”
赵南星道：“或许是李三才做生意赚的？”
亓诗教道：“天下之大，做生意获利百万的，又有几人？偏是他这个漕运总督？”
朱由校道：“传米柱。”
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