9月24日汉阳沦陷，9月26日英俄尔岱从一群奴婢口中找到了朝鲜王的行踪，他们有人在前日凌晨下田干活时，看着一队骑兵保卫着数位贵人逃向了南汉山山城的方向，队伍中有穿着大红蟒袍的贵人。
英俄尔岱听着这些奴婢描述的服饰便知道了，那位穿着大红蟒袍的正是朝鲜王。在朝鲜除了朝鲜王以外，还没人敢穿这个服色出行的。
9月27日多尔衮亲自率领军队堵住了通往南汉山城的道路，经过了一番试探，便确认了朝鲜王李倧的确就在山城之内。
位于南汉山山顶的山城，原是一座高句丽时期的土城，经过历代的翻修加固，在光海君手中最终建成。山城将最高峰日长山包围在内，若是登上最高峰，远至仁川的夕阳，近到汉城及京畿道一带的景色就全都进入了视野。
整个城郭周边高而险，城中间则低平易守。城分为内外城，外城墙周长9.05公里，高3-7.5米，东西长，南北短。内城则建有王室避难时所用的行宫及各种设施。李倧逃亡到此处，可谓是安心了不少。
但是这座山城虽然是为了朝鲜王室避难而修建的，可是李倧却很厌恶此地，因为这是光海君所修建的，所以山城内储备的物资和驻守兵力都一直没有按照标准补充到位过。李倧也没想过自己真的有用上这里的一天，因此当多尔衮带着大军将上山道路堵上之后，李倧又担心起能不能守住这座山城来了。
同样逃入了山城的金尚宪、沈器远还是一力主战，但是李倧的心里已经开始倾向于崔鸣吉的议和主张了。只是山城内部还是金尚宪、沈器远这些主战派的实力更强，因此李倧还是在犹豫中听从了金尚宪、沈器远的主张，坚守山城等待各道援军。并再次挑选健士翻山越岭前往各道传令，要求各道援军前往救援南汉山城。
10月1日黄台吉率后军主力赶到了汉阳城，他抵达汉阳之后便制定了围点打援的方略，令多尔衮以竹木将前往南汉山城的道路堵死，接着便围绕南汉山城四处出击，一一击溃来援的朝鲜义兵，以防止这些义兵聚集在一起。
此外，他还安抚了汉阳城破时被俘的那些朝鲜官员，虽然领议政兼都体察使金鎏拒绝向黄台吉投降，但是身为后金囚徒的他，也无法阻止其他官员以他的名义发出安民告示，自汉江以北的诸州县，除了咸镜道和江原道一些地区外，都开始服从于后金颁下的指令，为后金军队征发劳役，提供米粮等物资。
10月15日，多尔衮击破了从庆尚道和全罗道而来的最后两只义军，之后再无成建制的义兵前来援救南汉山城。坐拥咸镜道和江原道两道大军的金自点，身为朝鲜都元帅，却不肯发一兵一卒南下救援，只是一味躲在江原道的坚城内自保。
但后金虽然几乎征服了朝鲜八道中的四道，可是除了汉阳昌德宫内搜出了五、六十万两白银和二十余万两的物资外，其他州县府库的所得却几乎没有。南方全罗道、庆尚道的税粮，不仅没有运到汉阳，连忠清道和江原道的粮食都被收购后运到南方的巨济岛上去了，说是用来给养新建的朝鲜海军去了。
这样的局面让黄台吉感到了棘手，后金军队打过汉江差不多已经是他心里的极限了。如果再往南去，部队就拉的太长了，一旦让明国水军截断了汉江，黄台吉就要担心自己这支军队的安危了。
事实上他并不认为这个时间是出征朝鲜的好时段，如果有的选的话，他更愿意把出征时间推迟到12月份，整个朝鲜的水路都上冻的时节，那样的话江河就不会成为后金军队的阻碍了。
比如那些逃入江华岛的朝鲜王室、两班贵族的家眷，就难以利用和大陆分隔的海峡阻止后金军队的进攻。就因为现在海上没有封冻，所以后金军队只能隔着海峡眺望对面的江华岛，坐观明军水师和朝鲜水师的船只护卫着江华岛。
但是为了获得今年朝鲜秋收的收获，黄台吉不得不提前南下，指望着从朝鲜人那里补贴军粮支出。但是州县府库的空虚，使得黄台吉和后金军队越来越难以保持与民不犯的作风了。
在远离黄台吉视线的地方，后金军队开始对两班贵族的庄园和朝鲜商人进行劫掠。虽然各州县府库空空如也，但是在这些两班贵族的庄园内，粮食却堆积如山。这些庄园也是林庆业无法搬走的粮库。
10月20日，乌真超哈部队带着8门红夷大炮抵达了汉阳。黄台吉于是再次命令一位朝鲜官员进入南汉山城，要求朝鲜王立即下山投降，否则他就要动用武力强攻了。
李倧听这位官员描述了红夷大炮的威力后，终于色变。他悄悄召对崔鸣吉，令其下山同黄台吉言和。
10月22日，崔鸣吉在汉阳昌德宫面见黄台吉，黄台吉向他提出了：出城投降﹑奉清为正朔﹑并将明朝所赐的印信等缴给清朝等十余项和议条件。
崔鸣吉带回的这些议和条件自然激怒了城内的主战派，甚至连李倧也担忧起自己出城后，后金若是反悔该怎么办的问题。
于是在金尚宪、沈器远等主战派的激烈抗争下，李倧又反悔暂停了议和。10月25日，因为李倧的反复无常，黄台吉终于下令军队开始进攻南汉山城。山路虽然艰险，但是后金军依然在10天内打到了南汉山城之下，将城外山道上的壁垒一一击破。
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