当1581年托马尔的议会选举西班牙菲利普二世为葡萄牙国王时，这位西班牙国王曾经许下了一系列庄严的诺言。他保证葡萄牙议会只应在葡萄牙领土内召开，并保证一切旧有地方的固有法权、自由和法律不受侵犯。所有总督、省长及其他重要的高级官员，除了王室提出的人选之外，都应当是葡萄牙出任，教会中的高级职员也是如此。
而西班牙和葡萄牙的殖民地依旧保持原样，由各自的官员统治。两国的货币也不必统一。就连一切关系到葡萄牙臣民和利益的法律案件，也不必转离本国进行审理。菲利普二世还保证，将会组建一个六名葡萄牙人组成的参议会来帮助他处理葡萄牙的事务。
总而言之，是菲利普二世自己获得了葡萄牙的王冠，而不是西班牙王国获得了葡萄牙王国。菲利普二世的表态固然减少了葡萄牙人对他戴上葡萄牙王冠的抵制，但同时也为两国的关系留下了隐患。
菲利普二世对托马尔议会议员们的庄严承诺，最终还是被他自己、他的儿子和孙子一一推翻了。对于菲利普二世的子孙来说，他们并不承认葡萄牙是一个独立王国，他们甚至都不认为葡萄牙人拥有和西班牙人在帝国内部相同的地位和权力。这样的行为自然让葡萄牙人大失所望，谋求葡萄牙独立的运动也就埋下了根源。
葡萄牙的独立运动最早起于克拉托修道院的院长安东尼奥，也就是现在大明皇帝的后妃伊莎贝拉的祖父，他并不认为西班牙国王有权继承葡萄牙王位，王位应当属于自己。
这位仁兄为了夺回他所认为属于自己的葡萄牙王位，曾经在英法两国来回奔波，试图获得外国的资助。英国的伊丽莎白女王拒绝了他，但是亨利三世的母亲卡特琳.德.梅迪西却承认了他是葡萄牙国王。
然而安东尼奥院长也许是在修道院待的太久了，忘记了如何同欧洲王室们进行政治交易。仅仅因为卡特琳.德.梅迪西微不足道的支持，这位修道院长居然就将整个巴西赠送给了法国。安东尼奥的不理智行为顿时让他失去了葡萄牙人的支持，对于葡萄牙的显贵来说，与其用巴西来换取一个葡萄人的国王，他们宁可保留巴西承认西班牙国王为自己的国王。
当这位修道院长在法国销声匿迹之后，在没有一个葡萄牙贵族宣称对于王位的继承权，这使得葡萄牙公众的注意力转到了另一个方向，他们虚构出了一种无法实现的信念，即塞巴斯蒂昂将会回国重新登上王位，将葡萄牙王国从西班牙人手中独立出来。
塞巴斯蒂昂是葡萄牙王国被西班牙人吞并前的最后一任国王，在葡萄牙人看来，他们的不幸和屈辱都始于国王在阿耳卡塞尔-克比尔战死开始的。但是国王究竟是否真的死亡了，没有看到塞巴斯蒂昂尸体的葡萄牙人在经历了西班牙人给予的屈辱之后，选择了不相信。
葡萄牙人的这种独立情结，使得冒充塞巴斯蒂昂的冒险家层出不穷，而这些冒充者无一例外的被西班牙人给处死了。不过西班牙人可以处死这些假冒塞巴斯蒂昂的冒险家，却无法抹杀葡萄牙人越来越强烈的独立意愿。
特别是当西班牙深入的卷入了同欧洲各强国之间的战争中去后，西班牙人一边试图粉碎联合省的叛乱，一边处于和英国作战的边缘，同时还积极的干预法国的宗教问题。西班牙人四处竖立敌人的后果就是，使得原本和上述三国并无争执的葡萄牙商船遭受到了法国、英国、荷兰海盗的袭击。
葡萄牙人很快就发现，西班牙人挑起的怨恨，最终都会算在自己的头上。比如1588年西班牙人试图进攻英国，跟随着西班牙无敌舰队出击的葡萄牙舰队不仅和全军一起覆灭了，次年里斯本还遭到了英国海军的报复。
1594年菲利普国王试图给荷兰人施加压力，没收了特茹河上的五十艘荷兰船，并禁止葡萄牙人同荷兰人继续有商业往来。这导致葡萄牙人失去了最有价值的贸易主顾和向全欧销售的渠道。
到了1597年，荷兰人绕过了葡萄牙人直接前往东方购买香料，导致葡萄牙人失去了对于东方香料的贸易垄断权力。当1598年菲利普二世国王去世时，葡萄牙人发觉他们为了这位国王陛下已经掏空了国库，并消失了大部分的海军和商船队。
至于接下来的西班牙国王菲利普三世，他对于葡萄牙王国毫不关心，一生中只来过里斯本一次。他对于葡萄牙人许下的空洞诺言并不亚于其父，但是却从来没有实现过，反倒是多次违反了哈布斯堡王朝同葡萄牙王国签订的协议。
1621年菲利普三世去世之时，葡萄牙王国和西班牙王国之间的关系已经极端恶化，独立意识已经从一小部分贵族扩大到了全体葡萄牙人。
在菲利普三世的统治期间，葡萄牙王国的海外殖民地继续在萎缩，荷兰人对于巴西的贪欲已经不加掩饰，西非的葡萄牙殖民地也正处于被欧洲各国的攻击之中。
1608年荷兰东印度公司的舰队攻打了非洲东海岸的莫三鼻给，虽然埃斯特万.德.阿太德最终守住了莫三鼻给，但是这座城市已经成为了一片废墟。
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