在宁次还在龙地洞修炼仙术的时候，这段时间忍界直接发生了大的变化。
首先是佐助，他在杀死大蛇丸之后纠集了香磷，水月，重吾（重吾后面会提到），形成了一个小队，展开了对鼬的报复，第一次出战直接将晓组织的迪达拉杀死，充分展现了他的实力。
第二次出战则是对上了自己心中的执念，自己的哥哥鼬，通过各种强大的招式对决，在外人看来最终鼬因为自己身体的问题被佐助杀死，然而谁也不知道那只是鼬的一个局，为了保护佐助的局。
通过鼬最后传递过来的精神印记，佐助知道了事情的真相，同时因为仇恨开启了万花筒血轮眼，结合自己哥哥的瞳力，直接形成了永恒万花筒血轮眼，成为了继宇智波斑之后第二个永恒万花筒血轮眼，靠着特殊的血迹，实力直接达到了忍界的顶尖层次。
同时对于木叶的行为产生了深深的厌恶和恨，开始了以毁灭木叶为目的的行动，加入了木叶的敌对组织晓。
获得了永恒万花筒血轮眼的佐助信心爆棚，接下了抓捕八尾的任务，却因为自己基础不牢，直接被八尾打的重伤，在香磷，重吾和水月的帮助下才逃的一命，下路不明。
而与他们对战的八尾同样的失去了行踪，雷影暴怒。
下一个说的则是木叶的影级强者，三忍之一，有着豪杰之称的自来也的死亡。自来也那是什么人，纵横忍界多年的强者，木叶的中流砥柱，他的死亡直接使得木叶的实力大减。
由于晓组织的猖狂，和木叶的对敌，自来也为了了解敌人真正的情报，独自一人前往雨之国搜集情报，没想到直接遇到了人生中最强的敌人，晓组织的首领，有着轮回眼的零。一番交手之后，最终确定其是自己曾经的弟子，长门。
用生命将情报传给了木叶，而自己也永远了留在了水之国。
晓组织的首领零走进了人们的眼中，对此，零决定展现自己真正的实力，筹划着对木叶的进攻，对九尾的抓捕。
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当宁次回到北方据点的时候，那已经有了一段的时间了，零对于木叶的进攻已经结束了，零强大的实力最终还是败在了鸣人的嘴遁之下，而木叶由于纲手的昏迷，陷入了五代火影的选拔，宁次正好赶上了这个时机。
在宁次的北方据点中，宁次在会客厅接待着一位木叶的忍者，一个身穿黑色衣服，头戴面罩，只露出嘴巴和眼睛，手上带着手套的忍者。
宁次对于此人有着一丝印象，知道他是团藏手下的一名亲信，宁次开口道：“我刚刚从异空间修炼回来，不知道团藏大人派你来有什么事。”
木叶的忍者恭敬的道：“是这样的宁次大人，我是团藏大人的手下，我叫做油女取根，团藏大人派我前来，是希望你能回到木叶，帮助团藏大人，团藏大人将会任命你为木叶的暗部总部长。”
宁次拿起手中的茶水，喝了一口道：“暗部的总部长吗，真是不错的职务，不过团藏大人又怎么会有着这样的权力。”
油女取根一愣，想到宁次刚刚才从异空间回来，继续道：“您可能还不清楚现在的情况，我给您汇报一下最近发生的事。”
“前段时间，木叶被晓组织的零所入侵，火影纲手大人因为施术过度直接陷入了昏迷之中，情况非常不妙，木叶村开始了第六代火影的选举，而团藏大人对这次的选举有着绝对的信心，相信这次火之国的回来，团藏大人就会成为新的火影，那么宁次大人你所说的权利的问题就不成问题了。”
“想来您也知道，团藏大人一直非常的看中您，所以这次团藏大人第一个想到的就是您，他说您要是回到木叶村，他会给您极大地支持，将您的叛忍身份取消，同时支持您成为日向一族的组长。”
宁次听到这里心中也是一动，心道：“若是真的如同眼前这人说的，那真是个不错的提议，木叶是自己的根，自己众多的朋友，兄弟，亲人都生活在木叶，回到木叶是个很好的提议，但团藏为什么这样的帮助自己呢，从一开始的接触到现在，团藏对于自己一直在付出，他的目的是什么呢，自己根本看不清楚。不过，以自己现在的实力，宁次根本不惧任何人，答应他的提议又如何。”
沉思一段时间后，宁次抬头平静的道：“团藏大人的提议很好，他打动了我，我同意你的说法，但必须要在他成为火影之后，同时对于日向一族的问题我会自己解决，只要他给我名声上的支持就好。”
油女取根见宁次同意了团藏大人的提议，松了一口气道：“放心吧，宁次大人，团藏大人担任火影的决定这几天就会传递过来，那时我们就能一起回木叶了。”
最终团藏成为了第五代火影，而宁次在将北方据点的托付给兜，和油女取根踏上了回归木叶的路上。
一路上，油女取根不断地向着宁次讲述这在他离开木叶后，团藏大人对其亲戚朋友的帮助，通过交谈，宁次知道若是没有团藏的帮助，那自己的亲人朋友们将会生活的多么困难。心中对团藏的感官更好了一些。
一路前行，在快到木叶的时候，油女取根叫住宁次，给力他一个木叶暗部的面具，同时自己也戴上了暗部的面具。解释道：“虽然现在火影是团藏大人，但还是谨慎一点，暗中行动也会方便一点。”
油女取根将任务书交个木叶的守门人员，两人顺利的进入了木叶的村子中，由于长门的入侵，现在整个村子都处于重建状态，村子一片热火朝天，众人的脸上充满着对生活的向往。
这就是木叶，还是曾经的人，还是一样的空气，充满生机的木叶村。
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